Celem Programu Autyzm System XXI jest poszukiwanie i rekomendowanie systemowych rozwiązań problemów osób z autyzmem w Polsce. Systemowe rozwiązania to zmiany prawne w zakresie edukacji, polityki społecznej, zdrowotnej i mieszkaniowej, które poprawią sytuację dzieci, młodzieży i dorosłych osób z autyzmem w Polsce. Mają one przeciwdziałać marginalizacji tej grupy.

Do realizacji naszego celu niezbędne są działania na wielu płaszczyznach:

• Analizujemy polskie uwarunkowania prawne i wysuwamy propozycje rozwiązań dostosowania ich  do potrzeb osób z autyzmem poprzez rzecznictwo praw osób z autyzmem.
• Monitorujemy rozwiązania europejskie, współpracujemy z zagranicznymi organizacjami i  poszukujemy sposobów dostosowania zagranicznych dobrych praktyk do polskich warunków.
• Budujemy świadomość społeczną na temat wagi problemu autyzmu a szczególnie wykluczenia społecznego spowodowanego przez tę niepełnosprawność.
• Dzielimy się naszą wiedzą i doświadczeniem: współpracujemy z polskimi organizacjami zrzeszonymi w Porozumieniu Autyzm – Polska, organizujemy konferencje, przeprowadzamy szkolenia dla specjalistów pracujących z osobami z autyzmem.

Szczególną uwagę zwracamy na problemy dorosłych osób z autyzmem, które po zakończeniu edukacji mają bardzo ograniczone możliwości uzyskania pomocy w ramach polskiego systemu opieki.

Wydajemy publikacje książkowe związane z problematyką autyzmu, prowadzimy dystrybucję publikacji własnych i innych wydawnictw.

Organizujemy konferencje, szkolenia, spotkania i debaty krajowe i międzynarodowe.

Przeciwdziałamy izolacji społecznej osób z autyzmem oraz ich aktywizację społeczno - zawodową:

• Realizujemy projekty mające na celu wsparcie dorosłych osób z autyzmem.
• Organizujemy letnie obozy wspinaczki skałkowej dla osób z autyzmem i ich rodzin
• Budujemy dom mieszkalny dla dorosłych osób z autyzmem w Wilczej Górze pod Warszawą.