Od początku działalności Fundacji SYNAPSIS zdawaliśmy sobie sprawę, że aby poprawić sytuację dzieci i dorosłych osób z autyzmem doraźne działania nie wystarczą. Niezbędne jest wprowadzenia zmian systemowych w polskim prawie i ustawodawstwie dotyczącym  polityki zdrowotnej, oświaty i polityki społecznej. Od 1991 roku działamy na rzecz tych zmian we współpracy z administracją publiczną i innymi organizacjami zajmującymi się tym problemem.

Tak zrodził się program budowania ogólnopolskiego systemu pomocy dzieciom i dorosłym osobom z autyzmem i ich rodzinom. Dzięki uzyskanym w 2001 i 2002 roku dotacjom udało nam się znacznie rozszerzyć działania na rzecz zmiany sytuacji i realizacji praw dzieci, osób dorosłych z autyzmem oraz ich rodzin. Tak powstał oddzielny program Fundacji SYNAPSIS pod nazwą Autyzm - System XXI wiek, w skrócie AS XXI.